Tiền thân của đội là Đội bóng đá Long An, thành lập năm 1976. Là một đội bóng nghiệp dư đại diện cho tỉnh Long An, do Sở Thể dục Thể thao Long An quản lý, kể từ khi thành lập cho đến năm 2000,

Năm 2001, đội được chuyển sang mô hình chuyên nghiệp, được chuyển giao cho Công ty Cổ phần Đồng Tâm quản lý (từ năm 2002, do Công ty TNHH Thể thao Đồng Tâm quản lý), sáp nhập vào đội bóng của Công ty, thi đấu với tên gọi mới là Câu lạc bộ bóng đá Gạch Đồng Tâm Long An. Đội đã trở thành một trong "Tứ đại gia" ở giải V-League cùng với Becamex Bình Dương, SHB Đà Nẵng và đối thủ truyền kiếp Hoàng Anh Gia Lai.

Trong giai đoạn thành công của đội bóng ở giữa thập niên đầu tiên của thế kỷ 21, những trận thư hùng giữa Đồng Tâm Long An và Hoàng Anh Gia Lai diễn ra rất hấp dẫn và kịch tính, thu hút sự chú ý của người hâm mộ. Đội bóng miền Tây đã vô địch V-League 2 mùa giải liên tiếp trong các năm 2005 và 2006, cũng như vô địch Cúp Quốc gia năm 2005 và đoạt Siêu Cúp Quốc gia năm 2006. 

Từ mùa bóng 2007, câu lạc bộ đổi tên thành Câu lạc bộ bóng đá Đồng Tâm Long An (bỏ chữ Gạch).

Mùa giải 2012 Đồng Tâm Long An giành được quyền thăng hạng với chức vô địch giải hạng nhất.

Ngày 12 tháng 12 năm 2015 với việc ra mắt Công ty cổ phần phát triển bóng đá Long An, đơn vị chủ quản mới của đội bóng, đội được đổi tên thành Câu lạc bộ bóng đá Long An từ mùa giải 2016.[2]

Mùa giải 2024/25 đội tiếp tục tham gia. Đơn vị chủ quản hiện tại là Công ty cổ phần phát triển thể thao Long An.